Tohtoriohjelma, tieteenala ja tiedeyhteisö osallistuvat laajasti väitöskirjan ohjaukseen. Osallistujien vastuunjako on seuraava:
- Väitöskirjatutkijalta edellytetään oma-aloitteisuutta ohjauksen suhteen.
- Jokaisella väitöskirjatutkijalla on ainakin yksi ohjaaja, joka auttaa tutkimuksen tieteellisen sisällön kanssa, sekä tukee muutenkin kasvua itsenäiseksi tutkijaksi. Vahvana suosituksena – ja monissa tohtoriohjelmissa myös vaatimuksena – on vähintään kaksi ohjaajaa, joista ainakin toinen on työsuhteessa väitöskirjatutkijan kotitiedekuntaan.
- Mahdolliset muut ohjaajat vastaavat ohjauksesta erityisesti väitöskirjatyön substanssin näkökulmasta.
- Tohtoriohjelman henkilökunta ja tohtoriohjelman johtoryhmä tukevat tarvittaessa ohjaussuhteen ongelmien ratkaisussa.
- Tukipalvelut: tohtorikoulutuksen palveluiden henkilökunta tukee ja neuvoo opiskelijaa ja tarvittaessa myös ohjaajia tohtoriopintojen sekä väitöksen käytännön järjestelyissä.
Ohjaajalle ohjaus on yleensä vain yksi lukuisista akateemisesta velvoitteista. Ohjattavan on siis hyvä valmistautua tapaamisiin huolella. Esimerkiksi tapaamisten materiaalit on tärkeää toimittaa ohjaajalle sovitusti, jotta hänelle jää aikaa valmistautua.
Ohjaajalle on oltava selvää, että ohjattava on yleensä ensikertalainen tutkimuksen teossa. Kokenut ohjaaja pitääkin huolen siitä, että väitöskirjatutkijan pahimmat aloittelijan virheet osoitetaan selkeästi ja hyvissä ajoin.
Ohjaus voidaan järjestää myös siten, että ohjaajia on useammalta tieteenalalta, muista tiedekunnista tai yliopistoista, tai yliopiston ulkopuolisista asiantuntijaorganisaatioista. Ulkopuolisten ohjaajien kohdalla tulee noudattaa oman tohtoriohjelman käytäntöjä ja sopia ohjaussuhteen käytännön asioista ennen ohjaajan nimeämistä tehtävään.
Väitöstutkimus on tohtoriopintojen ydin, mutta tutkintoon kuuluu myös oman tieteenalan osaamista ja asiantuntijan taitoja kehittäviä opintoja. Tohtorikoulutuksen kokonaisuudessa myös tutkijakoululla, tohtoriohjelmalla, tiedekunnalla ja tiedeyhteisöllä on omat roolinsa. Tutkijakoulu ja tohtoriohjelmat järjestävät tohtorintutkinnon osaksi soveltuvaa opetusta sekä tiedottavat näistä. Tohtoriohjelman ja kotitiedekunnan neuvontahenkilökunta opastaa tohtorikoulutettavaa tarvittaessa ohjauksen ongelmatilanteiden ja muiden oikeusturvakysymysten varalta.
Sekä ohjaajien että väitöskirjatutkijoiden edellytetään tutustuvan Tutkimuseettisen neuvottelukunnan verkkosivuilta löytyviin hyvää tieteellistä käytäntöä koskeviin ohjeisiin.